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本文使用的拼音系統主要為臺羅與白話字。臺羅與白話字大體相同，有差異的部份本文會先列白話字，再列臺羅。
聲母
閩南語有 14 - 15 個聲母音位，其中濁塞音和鼻音聲母呈互補分佈，並不視作不同的音位（但大多數拼音系統會區分）。半元音 /w/ 和 /j/ 一般會被視作韻母的一部份。
| 唇音 | 齦音 | 軟腭音 | 聲門音 | |
|---|---|---|---|---|
| 不送氣清塞音 | p /p/ | t /t/ | k /k/ | ∅ /ʔ/ ~ ∅ |
| 送氣清塞音 | ph /pʰ/ | th /tʰ/ | kh /kʰ/ | |
| 濁塞音 | b /b/ | l /l/ ~ /d/ ~ /ɾ/ | g /g/ | |
| 鼻音 | m /m/ | n /n/ | ng /ŋ/ | |
| 不送氣清塞擦音 | ch, ts /ts/ | |||
| 送氣清塞擦音 | chh, tsh /tsʰ/ | |||
| 濁塞擦音 | j /dz/ ~ /z/ | |||
| 清擦音 | s /s/ | h /h/ |
在 i 前面（不管是介音還是主元音），/ts/, /tsʰ/, /dz/ ~ /z/, /s/ 會腭化成 /tɕ/, /tɕʰ/, /dʑ/ ~ /ʑ/, /ɕ/，但因為不構成音位對立，大多數拼音系統不作區分。
有些口音沒有 /dz/ 聲母，併入 /l/ 或者 /g/。
韻母
閩南語的韻母體系龐大且複雜，排成表格的話欄目眾多，且空格也有點多，不太整齊。我能找到的大部份閩南語教材，韻母表大多是一維排列的，很少有將之整理之二維表格形式的。
以下描述的系統一套常見於臺灣教材的「最大公約數音系」。有些閩南語方言可能具備位於這套「最大公約數系統」以外的韻母甚至元音音位，但絕大多數閩南語都具備在「最大公約數音系」中的元音音位。
閩南語的「最大公約數音系」一般有六個基本元音，但有少數人的腔調無法區分 o /o/ ~ /ə/ 和 o͘, oo /ɔ/。
其中 /iŋ/ 的實際（正統）發音其實更像 [i̯əŋ]，跟 /in/ 有很大差別。臺灣華語 /iŋ/ 混入 /in/ 的趨勢其實看着不太尋常。
| ∅ | a | o ~ ə | e | ɔ | i | u | ai | au | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| -∅ | a /a/ | o /o/ ~ /ə/ | e /e/ | o͘, oo /ɔ/ | i /i/ | u /u/ | ai /ai/ | au /au/ | |
| i- | i /i/ | ia /ia/ | io /io/ ~ /iə/ | iu /iu/ | iau /iau/ | ||||
| u- | u /u/ | oa, ua /ua/ | oe, ue /ue/ | ui /ui/ | oai, uai /uai/ | ||||
| -nn | aⁿ, ann /ã/ | eⁿ, enn /ẽ/ | oⁿ, onn /ɔ̃/ | iⁿ, inn /ĩ/ | aiⁿ, ainn /ãi/ | (Nau /ãu/) | |||
| i-nn | iaⁿ, iann /iã/ | (ioⁿ, ionn /iɔ̃/) | iuⁿ, iunn /iũ/ | (Niau /iãu/) | |||||
| u-nn | oaⁿ, uann /uã/ | (uiⁿ, uinn /uĩ/) | oaiⁿ, uainn /uãi/ | ||||||
| -h | ah /a/ | oh /oʔ/ ~ /əʔ/ | eh /eʔ/ | ooh /ɔʔ/ | ih /iʔ/ | uh /uʔ/ | auh /auʔ/ | ||
| i-h | iah /iʔ/ | ioh /ioʔ/ ~ /iəʔ/ | |||||||
| u-h | oah, uah /uaʔ/ | oeh, ueh /ueʔ/ | (uih /uiʔ/) | ||||||
| -m | m /m̩/ | am /am/ | om /ɔm/ | im /im/ | |||||
| -p | ap /ap/ | op /ɔp/ | ip /ip/ | ||||||
| i-m | iam /iam/ | ||||||||
| i-p | iap /iap/ | ||||||||
| -n | an /an/ | in /in/ | un /un/ | ||||||
| -t | at /at/ | it /it/ | ut /ut/ | ||||||
| i-n | ian /ian/ | ||||||||
| i-t | iat /iat/ | ||||||||
| u-n | oan, uan /uan/ | ||||||||
| u-t | oat, uat /uat/ | ||||||||
| -ŋ | ng /ŋ̩/ | ang /aŋ/ | ong /oŋ/ | eng, ing /iŋ/ | |||||
| -k | ak /ak/ | ok /ok/ | ek, ik /ik/ | ||||||
| i-ŋ | iang /iaŋ/ | iong /ioŋ/ | |||||||
| i-k | iak /iak/ | iok /iok/ |
大部份的陰聲韻都有對應的鼻化韻及喉塞韻尾，但也有例外的不成配對的陰聲韻。鼻化韻以 -ⁿ, -nn 表示，喉塞韻尾以 -h 表示。有些口音的喉塞韻尾不是很明顯（甚至受普通話影響傳染到其他入聲韻），可能要查字典確認。
白讀系統
| ∅ | a | o ~ ə | e | ɔ | i | u | ai | au | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| -∅ | a /a/ | o /o/ ~ /ə/ | e /e/ | o͘, oo /ɔ/ | i /i/ | u /u/ | ai /ai/ | au /au/ | |
| i- | i /i/ | ia /ia/ | io /io/ ~ /iə/ | iu /iu/ | iau /iau/ | ||||
| u- | u /u/ | oa, ua /ua/ | oe, ue /ue/ | ui /ui/ | * | ||||
| -nn | aⁿ, ann /ã/ | eⁿ, enn /ẽ/ | oⁿ, onn /ɔ̃/ | iⁿ, inn /ĩ/ | aiⁿ, ainn /ãi/ | (Nau /ãu/) | |||
| i-nn | iaⁿ, iann /iã/ | (ioⁿ, ionn /iɔ̃/) | iuⁿ, iunn /iũ/ | (Niau /iãu/) | |||||
| u-nn | oaⁿ, uann /uã/ | (uiⁿ, uinn /uĩ/) | oaiⁿ, uainn /uãi/ | ||||||
| -m | m /m̩/ | am /am/ | om /ɔm/ | im /im/ | |||||
| -p | ap /ap/ | op /ɔp/ | ip /ip/ | ||||||
| -n | an /an/ | in /in/ | un /un/ | ||||||
| -t | at /at/ | it /it/ | ut /ut/ | ||||||
| -ŋ | ng /ŋ̩/ | ang /aŋ/ | * | eng, ing /iŋ/ | |||||
| -k | ak /ak/ | * | ek, ik /ik/ |
文讀系統
| a | ia | ua | i | u | o ~ ə | e | ɔ | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| -∅ | a /a/ | ia /ia/ | oa, ua /ua/ | i /i/ | u /u/ | o /o/ ~ /ə/ | e /e/ | o͘, oo /ɔ/ |
| -i | ai /ai/ | oai, uai /uai/ | ui /ui/ | |||||
| -u | au /au/ | iau /iau/ | iu /iu/ | |||||
| -m | am /am/ | iam /iam/ | im /im/ | om /ɔm/ | ||||
| -p | ap /ap/ | iap /iap/ | ip /ip/ | op /ɔp/ | ||||
| -n | an /an/ | ian /iɛn/ ~ /ɛn/ | oan, uan /uan/ | in /in/ | un /un/ | |||
| -t | at /at/ | iat /iɛt/ ~ /ɛt/ | oat, uat /uat/ | it /it/ | ut /ut/ | |||
| -ŋ | ang /aŋ/ | iang /iaŋ/ | eng, ing /iŋ/ | ong /oŋ/ | ||||
| -k | ak /ak/ | iak /iak/ | ek, ik /ik/ | ok /ok/ |
另外還有幾個孤零零難以歸類的 oe, ue /ue/ 和 iong /ioŋ/。閩南語「最大公約數音系」裏面沒有 /uam/ 跟 /uaŋ/（分別併入 /uan/ 和 /oŋ/），但一些方言裏確實有這樣的發音。
文讀系統中較少出現鼻化韻，但一些字即使在文讀音裏，也會受到鼻音聲母的影響而發生鼻化。也有小部份隨機發生鼻化的文讀音。當鼻化發生時，/ɔ/ 和 /o/ ~ /ə/ 會合併成 /ɔ̃/。
聲調
文白讀系統之間的聲調差異並不多。大多數差異在於古次濁聲母上聲的歸併（文讀併入陰上、白讀大多數腔調併入陽去），以及陰陽入的交替。
閩南語有着複雜的變調系統，每一個聲調都有本調和變調兩套調值。至於一個音節什麼時候該唸本調，什麼時候該唸變調，Yoxem 有做過一個非常詳細的論述。
| 調號 | 傳統名稱 | 羅馬字 | 本調調值 | 變調調值 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 陰平 | ◌, a | 44 | 22 |
| 2 | 陰上 | ◌́, á | 53 | 44 |
| 3 | 陰去 | ◌̀, à | 21 | 53 |
| 4 | 陰入 | ◌H, ah | 32 | 54 |
| 5 | 陽平 | ◌̂, â | 214 | 21/22 |
| 6 | （陽上） | (◌̌, ǎ) | 22 | 21 |
| 7 | 陽去 | ◌̄, ā | 22 | 21 |
| 8 | 陽入 | ◌̍H, a̍h | 4 | 32 |
| 9 | N/A | ◌̋, a̋ | N/A | 35 |
第九聲 a̋ 僅用於三疊詞和外來語，沒有本調。許多教學也根本不列出這個第九聲。
每個變調調值剛好可以對應到一個本調調值，因此也有了像 573217 或 532173、4 變 2、8 變 3 之類的記憶口訣。